Учёный совет НОУ "Медико-социальный институт Таджикистан" создан с целью анализа основных проблем учебно-воспитательной, научно-методической и финансово-хозяйственной деятельности института. Председателем учёного совета является ректор НОУ "Медико-социальный институт Таджикистан".
В состав учёного совета входят ректор, проректора, деканы факультетов, заведующие кафедрами, библиотекой, руководители центров, представители общественных организаций и другие представители института. Состав учёного совета утверждается приказом ректора на 5 года. В случае выбывания члена совета до завершения срока деятельности совета состав пополняется в начале учебного года в том порядке, который установлен учёным советом.
Членами учёного совета могут быть только основные сотрудники института. В основной состав учёного совета института входят: 1 член корреспондента Национальной академии наук Таджикистан, 4 докторов наук, 14 кандидатов наук и 10 сотрудников без ученой степени.
Учёный совет рассматривает основные направления деятельности института; обсуждает и утверждает проблемы организации учебно-воспитательного направления, научно-исследовательской работы, финансово-хозяйственной деятельности; рассматривает результаты годовой работы всех подразделений института, предлагает пути их улучшения; заслушивает отчёты специалистов об учебной, научно-исследовательской, воспитательной деятельности, отчёты о деятельности научных организаций, учреждённых при институте; решает проблемы создания или ликвидации факультетов, кафедр, научных лабораторий и утверждает наименования, как правило, с учётом их упрочения, создания коллективов, умеющих решать задачи, стоящие перед институтом; уточняет и утверждает учебные и специальные программы, подготовленные специалистами; предоставление 3-х месячного творческого отпуска, 6-месячных и годовых отпусков для завершения кандидатских и докторских диссертаций; рекомендует составление учебных пособий и других средств обучения; утверждает темы докторских диссертаций; проводит конкурс на замещение вакантных должностей заведующих кафедр, профессоров и доцентов, а также на ученое звание профессора и доцента; обсуждает и утверждает смету внебюджетных доходов и расходов института, прослушивает годовой отчёт о выполнении данной сметы и подводит итоги; прослушивает отчёт о финансово-хозяйственной деятельности; рассматривает другие различные вопросы, относящиеся к деятельности института.
Деятельность учёного совета осуществляется по плану, составляемому один раз в год. План работы учёного совета утверждается ректором. Решения учёного совета принимаются путём открытого голосования большинством голосов. При избрании по конкурсу на замещение вакантной должности заведующего кафедрой, профессора и доцента, присвоении звания доцента и профессора голосование проходит по установленному порядку, тайно. Учёный совет рекомендует кандидатов на соискание государственных премий.